Для каждого проекта должен быть создан собственный счетчик в Яндекс Метрике: https://metrika.yandex.ru/

Необходимо включить данную настройку. Так Яндекс Метрика будет автоматически создавать цели на некоторые важные события на сайте — например, на клики по номеру телефона или email. Но лучше не дожидаться когда эти цели автоматически создадутся в Метрике, а создать их самостоятельно.

Вам будут доступны подробные записи действий посетителей на сайте: движения мышью, прокручивание страницы и клики. Видеозаписи подскажут, как доработать сайт — чтобы посетителям было удобнее находить нужную информацию.

Нужно удостовериться, что на аккаунте где ведется контекстная реклама в Яндекс Директе (если это иной аккаунт) - есть доступ к Яндекс Метрике с правами на редактирование.

Если не вы сами создавали Яндекс Метрику - нужно убедиться что у Вас (как владельца сайта или ответственного специалиста) - есть права на редактирование счетчика посещаемости.

Необходимо проверить наличие счетчика посещаемости на всех страницах сайта!

После установки счетчика на сайт, нужно убедиться что данные о трафике поступают в Яндекс Метрику.

Надо сразу настроить все автоматические цели в Яндекс Метрике, что бы конверсии начали фиксироваться:

Клик по номеру телефона
Клик по Email
Отправка формы
Переход в мессенджер
Скачивание файлов
Поиск по сайту
Клик по кнопке
Переход в соц. сеть
Возвращение из платежной системы

Также стоит настроить цели на просмотр количества страниц на сайте:

Просмотр 2 страниц сайта
Просмотр 3 страниц сайта
Просмотр 4 страниц сайта
Просмотр 5 страниц сайта
Просмотр 10 страниц сайта

Обязательно настроить конверсии на посещение ключевых страниц:

Переход в каталог товаров
Переход в корзину
Переход в оформление заказа
Просмотр страницы с успешно-оформленным заказом
Просмотр страницы с успешно-отправленным сообщением с сайта
Страница с контактами
Остальные ключевые страницы на сайте

Нужно настроить отправку событий в Яндекс Метрику при совершении посетителями важных событий на сайте:

Открытие различных POPUP окон
Успешная отправка всех форм на сайте
Клик по кнопкам (например "положить в корзину")

Настройку отправки событий в Яндекс Метрику можно реализовать при помощи Google Tag Manager

Для удобства создания и актуализации целей в Яндекс Метрике, желательно код Яндекс. Метрики установить через Google Tag Manager.

В Яндекс Метрике стоит создать персональные отчеты по важным показателям эффективности маркетинга и выполнения KPI.

Яндекс Метрика необходимо связать с коллтрекингом на сайте и настроить передачу в Метрику данных о звонках и настроить конверсии на эти события. Обязательно нужно проверить корректность и полноту передаваемой информации в метрику.

Во всех рекламных кампаниях в Яндекс Директе настроить разметку ссылок для передачи в метрику всей информации о рекламной кампании.

В каждом платном рекламном канале настроить UTM-метки: utm_source, utm_medium, utm_campaig, utm_content, utm_term. И проверить отчет Яндекс Метрики по UTM-меткам на наличие данных и схожесть данных с отчетами рекламных систем.

Номер счетчика Яндекс Метрики указать в настройках всех рекламных кампаний в Яндекс Директе. Так данные о рекламной кампании будут фиксироваться в Яндекс Метрике.

Для ретаргетинга в Яндекс Директе настроены сегменты посетителей сайта.
Например:
На просмотры ключевых разделов на сайте
На "брошенную карзину"
Но посетителей совершивших конверсию

Проверить что все конверсии в Яндекс Метрики фиксируются точно.

Для интернет-магазинов необходимо настроить передачу даннных о заказах и товарах в Яндекс Метрику.

Установить связь Яндекс Метрики и Яндекс Вебмастер. Она позволяет поисковому роботу Яндекса быстрее узнавать о новых страницах на вашем сайте.

При включении этой опции Метрика проверяет сайт на доступность и уведомляет владельца сайта при возникновении проблем. И так же для отображения данных в отчете «Результаты проверки» опция должна быть включена.

Статистика по поведенческим роботам будет доступна в отчетах в режиме отображения «Данные: с роботами/без роботов».

Нужно исключить собственные заходы на сайт для более точной статистики по конверсиям.

Чтобы ни кто другой не имел возможность увидеть созданные цели в метрике, нужно отключить данную настройку.

Проверить отчет по поисковым фразам в Яндекс Метрике и убедиться что трафик из контекстной рекламы поступает корректный.