1. Непонимание разных данных: Клик по рекламе и Визит в счетчике посещаемости
2. Некорректно установлен счетчик Яндекс Метрика
3. На сайте установлена не актуальная версия Яндекс Метрики
4. Не на всех страницах устанновлена Яндекс Метрика
5. Сайт медленно грузится и не успевает сработать Яндекс Метрика
6. Номер Яндекс Метрики не указан в настройках всех рекламных кампаний в Яндекс Директе
7. В Яндекс Директе не включена разметка ссылок для Метрики
8. При открытии сайта возникают 404-ошибки
9. Возникают ошибки в JavaScript нарушающие работу Яндекс Метрики
10. Настроена фильтрация посетителей в Яндекс Метрике
11. В Яндекс Директе были недействительные клики
12. Происходит скликивание рекламы в Яндекс Директе - роботами
13. "Недействительные клики" в Яндекс Директе учитываются в Яндекс Метрике
14. В отчете используются фильтры трафика (выбран сегмент трафика)
15. В отчете используется иная модель атрибуции трафика
16. Посетители закрывают сайт сразу после клика. Не успевает сработать Яндекс Метрика
17. Клики засчитываются по виртуальным визиткам - без перехода на сайт
18. В браузере пользователь использует антитрекеры
19. Проблема с HTTPS протоколом на сайте
20. Ссылки в Яндекс Директе не размечены UTM-метками
21. Срабатывает переадресация на сайте и затираются UTM-метки
22. Пользователь сохранил или поделился ссылкой с UTM-метками и есть дополнительные переходы по ним
23. На сайт ведется реклама из разных рекламных кабинетов Директа
24. Проблемы с HTTPS-протоколом на сайте
25. Сравниваете разные временные периоды рекламы

Расхождение данных по визитам в Метрике и кликам в Директе — это неизбежная ситуация. Отчеты в этих двух системах в принципе решают разные задачи. Задача Метрики — как можно точнее фиксировать любую статистику по сайту. Поэтому в отчётах показываются все визиты, которые состоялись по всем кликам — и по учтенным, и по отфильтрованным системой защиты от склика в Директе.